Dépôt des comptes annuels d’un organisme de formation : qui, quoi, quand et en cas de retard

L’auditeur Qualiopi vous demande le justificatif de dépôt de vos derniers comptes. Vous pensiez que votre expert-comptable s’en chargeait, il pensait que vous lui enverriez la décision d’approbation, et rien n’est parti au greffe. Depuis le 1er novembre 2026, cette situation coûte une non-conformité majeure : le guide de lecture Qualiopi demande de vérifier le dépôt des comptes annuels des organismes qui y sont tenus.

Encore faut-il savoir si votre organisme de formation l’est. Voici qui doit déposer, quels documents, dans quel délai, et comment régulariser un dépôt oublié avant l’audit.

Votre organisme de formation doit-il déposer ses comptes ?

Tout dépend de sa forme juridique. Les articles L. 232-21 à L. 232-23 du code de commerce visent trois familles de sociétés.

SARL, EURL, SAS et SASU

Toute société à responsabilité limitée dépose ses comptes, y compris l’EURL, dont l’associé unique approuve seul les comptes. Toute société par actions est dans le même cas, SAS et SASU comprises. C’est la situation de la plupart des organismes de formation constitués en société, et celle du formateur qui a créé une SASU ou une EURL pour facturer ses interventions.

Les sociétés en nom collectif ne sont concernées que si tous leurs associés indéfiniment responsables sont eux-mêmes des SARL ou des sociétés par actions.

Entreprise individuelle et micro-entrepreneur

Un formateur qui exerce en entreprise individuelle, en micro-entreprise ou non, n’a pas de comptes à déposer au greffe : les articles L. 232-21 et suivants ne visent que des sociétés. Notre guide pour devenir formateur indépendant revient sur le choix du statut.

Association

Une association n’est pas soumise à ces articles. Une règle distincte s’applique quand elle reçoit des subventions : l’article L. 612-4 du code de commerce impose à toute association qui reçoit annuellement des autorités administratives des subventions en numéraire dont le montant global dépasse 153 000 euros (seuil fixé par l’article D. 612-5) d’établir des comptes annuels, de nommer un commissaire aux comptes et d’assurer la publicité de ses comptes. Cette publication se fait sur le site du Journal officiel.

Quels documents pour le dépôt des comptes annuels

Le dépôt comprend les comptes annuels, c’est-à-dire le bilan, le compte de résultat et l’annexe, ainsi que la proposition d’affectation du résultat et la résolution ou la décision d’affectation. S’y ajoutent, le cas échéant, le rapport du commissaire aux comptes et les comptes consolidés.

La taille de la société fait varier la liste. Selon la fiche du service public consacrée au dépôt des comptes (vérifiée le 11 juin 2025), une micro-entreprise est dispensée d’annexe, et le rapport de gestion n’est déposé que par les moyennes entreprises et au-delà.

Dans une SARL ou une EURL, en cas de refus d’approbation des comptes, une copie de la délibération ou de la décision de l’associé unique est déposée dans le même délai.

Délai de dépôt des comptes annuels

Le délai court à partir de l’approbation des comptes, pas de la clôture de l’exercice. Le dépôt doit intervenir dans le mois qui suit l’approbation, ou dans les deux mois lorsqu’il est fait par voie électronique.

L’approbation elle-même a son propre délai. Dans une SARL ou une EURL, elle intervient dans les six mois de la clôture. Dans une SAS ou une SASU, ce sont les statuts qui fixent le délai. Pour un exercice clos le 31 décembre et des comptes approuvés le 30 juin, le dépôt électronique doit donc être fait au plus tard fin août.

Le dépôt se fait en ligne sur le guichet des formalités des entreprises, au greffe du tribunal de commerce du siège ou par courrier recommandé. Le dirigeant peut confier la démarche à son expert-comptable ou à un avocat. Inscrivez ces deux dates, approbation et dépôt, dans votre calendrier de veille réglementaire : elles reviennent chaque année.

La confidentialité des comptes annuels ne dispense pas du dépôt

L’article L. 232-25 permet à une micro-entreprise de déclarer que ses comptes ne seront pas rendus publics, et à une petite entreprise de demander que son compte de résultat ne le soit pas. Un organisme de formation peut y recourir pour ne pas exposer sa marge à ses concurrents.

Elles portent sur la publicité des comptes, pas sur leur dépôt. Vous déposez quand même, avec la déclaration de confidentialité, et vous gardez le justificatif.

Comptes déposés en retard ou pas déposés : risques et régularisation

Ce que prévoit le code de commerce

Quand le greffier constate qu’un dépôt n’a pas été fait, l’article L. 232-24 prévoit qu’il en informe le président du tribunal de commerce, qui peut enjoindre au dirigeant de déposer, souvent sous astreinte. La fiche du service public indique aussi une amende pénale de 1 500 euros pour le dirigeant, portée à 3 000 euros en cas de récidive.

Un défaut de dépôt pèse aussi au-delà du greffe. Un repreneur ou un investisseur regarde les comptes publiés : c’est l’un des premiers contrôles de la due diligence avant le rachat d’un organisme de formation.

Régulariser avant un audit Qualiopi

Si vous découvrez un oubli à quelques semaines d’un audit, déposez sans attendre. Vérifiez d’abord que les comptes ont bien été approuvés : sans procès-verbal ou décision d’approbation, il n’y a rien à déposer. Faites rédiger la décision si elle manque, puis transmettez le tout en ligne, avec la déclaration de confidentialité si vous y avez droit.

Gardez l’accusé de réception du greffe. Le jour de l’audit, il prouve que le dépôt a été fait, même tardivement. Si l’organisme a un retard de plusieurs exercices, traitez-les dans l’ordre, du plus ancien au plus récent.

Ce que l’auditeur vérifie à l’indicateur 23

Le guide de lecture rattache le dépôt des comptes à l’indicateur 23, celui de la veille légale et réglementaire. Il demande la « vérification du dépôt formel des comptes selon les obligations des articles L. 232-21 et suivants du code de commerce, si applicable ». Le non-respect de cette obligation spécifique entraîne une non-conformité majeure.

La preuve attendue tient en une pièce : le justificatif du dépôt de vos derniers comptes approuvés, avec sa date. Notre article sur l’indicateur 23 Qualiopi détaille le reste de l’indicateur, la veille et son exploitation.

Ne plus laisser passer le dépôt des comptes annuels

Le dépôt des comptes ne pose pas de difficulté technique. Il échoue parce qu’il tombe une fois par an, entre l’approbation et l’été, et que chacun croit que l’autre s’en occupe. Écrivez qui fait quoi avec votre expert-comptable : qui rédige la décision d’approbation, qui dépose, qui vous envoie le justificatif.

Dans Fresh Management, une tâche annuelle de la to-do list vous rappelle de réclamer ce justificatif, et vous le rangez avec les preuves de l’indicateur 23 dans l’espace de stockage. Si vous voulez voir comment se présente ce dossier, réservez une démo.

Questions fréquentes sur le dépôt des comptes d’un organisme de formation

Un micro-entrepreneur formateur doit-il déposer ses comptes ?

Non. Les articles L. 232-21 et suivants du code de commerce visent les sociétés. Un formateur en entreprise individuelle, micro-entrepreneur ou non, n’a pas de comptes à déposer au greffe. S’il exerce en EURL ou en SASU, il y est tenu.

Une association organisme de formation doit-elle déposer ses comptes ?

Pas au greffe. Une association qui reçoit annuellement plus de 153 000 euros de subventions publiques en numéraire doit en revanche établir des comptes annuels, nommer un commissaire aux comptes et publier ses comptes (articles L. 612-4 et D. 612-5 du code de commerce).

Quels documents faut-il déposer ?

Le bilan, le compte de résultat et l’annexe, la proposition et la décision d’affectation du résultat et, le cas échéant, le rapport du commissaire aux comptes. Une micro-entreprise est dispensée d’annexe.

Quel est le délai de dépôt des comptes annuels ?

Un mois après l’approbation des comptes, ou deux mois en cas de dépôt électronique. Dans une SARL ou une EURL, l’approbation intervient dans les six mois de la clôture ; dans une SAS, les statuts fixent ce délai.

Que risque-t-on en cas de dépôt tardif ?

Une injonction du président du tribunal de commerce, souvent sous astreinte, et une amende pénale de 1 500 euros pour le dirigeant selon la fiche du service public. Pour un organisme certifié, l’absence de dépôt entraîne aussi une non-conformité majeure à l’indicateur 23.

La déclaration de confidentialité dispense-t-elle du dépôt ?

Non. Elle permet de ne pas rendre publics les comptes d’une micro-entreprise, ou le compte de résultat d’une petite entreprise. Le dépôt reste obligatoire.

L’expert-comptable peut-il déposer à ma place ?

Oui, le dirigeant peut mandater son expert-comptable ou un avocat. Demandez-lui le justificatif de dépôt : c’est vous qui devrez le présenter à l’auditeur.

Sources

• Code de commerce, articles L. 232-21 à L. 232-25 (version en vigueur au 04/11/2026), L. 612-4 et D. 612-5 (consultés le 06/11/2026)
• Service public Entreprendre, « Dépôt des comptes annuels d’une société », fiche vérifiée le 11 juin 2025
• Guide de lecture du référentiel national qualité, version 10, DGEFP, novembre 2026 : indicateur 23